Walne Zgromadzenie Akcjonariuszy PKP CARGO S.A. jest najwyższym organem Spółki, służącym realizacji uprawnień akcjonariuszy do decydowania o kluczowych aspektach działalności PKP CARGO S.A. Nadrzędna rola Walnego Zgromadzenia realizuje się m.in. poprzez wyłączne prawo zgromadzenia akcjonariuszy do decydowania o treści Statutu Spółki. W zakresie dozwolonym przez przepisy prawa powszechnie obowiązującego, Statut Spółki tworzy szczegółowe ramy ładu korporacyjnego określając m.in. kompetencje organów Spółki oraz ich wzajemne relacje.
Walne Zgromadzenie Spółki działa na podstawie KSH, Statutu Spółki (w szczególności § 10–13) oraz Regulaminu Walnego Zgromadzenia. Akcjonariusze mają prawo uczestniczyć i wykonywać na Walnym Zgromadzeniu prawo głosu osobiście lub przez swojego pełnomocnika.
Do głównych kompetencji Walnego Zgromadzenia PKP CARGO S.A., oprócz spraw zastrzeżonych przepisami KSH lub innych ustaw należy m.in. powoływanie i odwoływanie członków Rady Nadzorczej z zastrzeżeniem uprawnień osobistych PKP S.A., przyjmowanie regulaminu Walnego Zgromadzenia oraz wyrażanie zgody na rozporządzenie przez Spółkę składnikami aktywów trwałych lub nabywanie/zbywanie/obejmowanie udziałów/ akcji innych spółek o wartości powyżej progu kwotowego lub procentowego określonego w Statucie Spółki.
Walne Zgromadzenie jest ważne bez względu na liczbę reprezentowanych na nim akcji.
Uchwały Walnego Zgromadzenia są podejmowane bezwzględną większością głosów za wyjątkiem uchwał, do podjęcia, których przepisy KSH lub postanowienia Statutu przewidują surowsze wymogi dla powzięcia danej uchwały, przy czym podjęcie uchwały w przedmiocie zmiany § 14 ust. 6, § 26 ust. 3 lub 4 oraz § 27 ust. 7 Statutu wymaga Uchwały Walnego Zgromadzenia podjętej większością czterech piątych głosów w obecności akcjonariuszy reprezentujących trzy czwarte kapitału zakładowego Spółki.
Głosowanie na Walnym Zgromadzeniu jest jawne. Tajne głosowanie zarządza się przy wyborach oraz nad wnioskami o odwołanie członków organów Spółki lub likwidatorów Spółki, bądź o pociągnięcie ich do odpowiedzialności, jak również w innych sprawach osobowych. Ponadto, tym należy zarządzić tajne głosowanie na żądanie choćby jednego z akcjonariuszy obecnych lub reprezentowanych na Walnym Zgromadzeniu.
Zgodnie z Regulaminem Walnego Zgromadzenia głosowania jawne i tajne mogą być przeprowadzone przy wykorzystaniu urządzeń elektronicznych, za zgodą Walnego Zgromadzenia. Walne Zgromadzenie może podjąć uchwałę o uchyleniu tajności głosowania w sprawach dotyczących wyboru komisji powoływanej przez Walne Zgromadzenie.
Obrady Walnego Zgromadzenia prowadzi Przewodniczący i czuwa nad jego sprawnym przebiegiem zgodnie z przyjętym porządkiem obrad. Przewodniczący może rozstrzygać sprawy porządkowe. Bez zgody Walnego Zgromadzenia nie może usuwać i zmieniać kolejności spraw zamieszczonych w przyjętym porządku obrad.
Walne Zgromadzenie PKP CARGO S.A. otwiera Przewodniczący Walnego Zgromadzenia wyznaczony przez Zarząd. Jeśli Prezes Zarządu nie wskaże Przewodniczącego Walnego Zgromadzenia przed wyznaczoną godziną rozpoczęcia obrad stosuje się przepisy art. 409 §1 KSH, po czym spośród osób uprawnionych do uczestnictwa w Walnym Zgromadzeniu wybiera się Przewodniczącego zgromadzenia. Wybór Przewodniczącego Walnego Zgromadzenia odbywa się bezwzględną większością głosów oddanych w głosowaniu tajnym.
Nadzwyczajne Walne Zgromadzenie może zostać zwołane przez akcjonariusza, którego udział w ogólnej liczbie głosów w Spółce przekracza 33%. W takim przypadku akcjonariusz zwołujący Nadzwyczajne Walne Zgromadzenie wyznacza Przewodniczącego Walnego Zgromadzenia.
Zgodnie ze Statutem Spółki, prawo głosu akcjonariuszy dysponujących powyżej 10% ogółu głosów w Spółce zostało ograniczone w ten sposób, że żaden z nich nie może wykonywać na Walnym Zgromadzeniu więcej niż 10% ogólnej liczby głosów w Spółce istniejących w dniu odbywania Walnego Zgromadzenia. Ograniczenie prawa głosu akcjonariuszy reprezentujących ponad 10% ogółu głosów w Spółce nie wygasa po zbyciu wszystkich akcji przez PKP S.A., który nie jest objęty wspomnianym ograniczeniem. W konsekwencji ograniczenie prawa głosu potencjalnie utrudnia uzyskanie kontroli nad Spółką przez jednego inwestora nawet, jeśli udział PKP S.A. w kapitale zakładowym Spółki spadnie do 0.
Walne Zgromadzenie uchwala Regulamin Walnego Zgromadzenia PKP CARGO Spółka Akcyjna określający szczegółowo tryb prowadzenia obrad. Projekt Regulaminu Walnego Zgromadzenia przedstawia Zarząd Spółki. Dopuszcza się udział w Walnym Zgromadzeniu przy wykorzystaniu środków komunikacji elektronicznej, o ile w ogłoszeniu o danym Walnym Zgromadzeniu zostanie podana informacja o istnieniu takiej możliwości.